卓尼县教科局是县政府管理全县教育事业的职能单位，2019年以前为教育局，2019年1月与县科技局合并后更名为卓尼县教育和科学技术局，内设办公室、人事财务室、教育股、招生考试办和科技股5个股室。近年来，县教科局以习近平新时代中国特色社会主义思想统领工作全局，积极推进教育改革，锐意创新管理机制，全面实施素质教育，切实加强教师队伍建设，不断提高教育质量，致力教育和谐发展，教育水平持续提高，连续6年荣获全州教育工作综合考核第一名，先后获得甘南州教师队伍建设先进单位、甘南州课堂教学模式改革创新奖、卓尼县义务教育均衡发展工作先进集体等荣誉。