卓尼县辖5镇、10个乡：柳林镇、木耳镇、扎古录镇、喀尔钦镇、藏巴哇镇、纳浪乡、刀告乡、尼巴乡、完冒乡、阿子滩乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、勺哇乡、洮砚乡。

卓尼，系藏语，意为松树。1939年设卓尼设治局，1950年改置卓尼自治区，1955年改为卓尼县。

2000年，卓尼县辖1个镇、15个乡、1个民族乡：柳林镇、木耳乡、纳浪乡、洮砚乡、藏巴哇乡、柏林乡、卡车乡、大族乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、阿子滩乡、完冒乡、扎古录乡、刀告乡、尼巴乡、勺哇土族乡。