卓尼县位于东经102゜46′——104゜02′，北纬34゜10′——35゜10′。地处青藏高原的东部边缘，位于甘肃省甘南藏族自治州东南部，东邻定西市岷县、漳县，南接甘南州迭部县，西南与四川省阿坝藏族羌族自治州若尔盖县为邻，西通甘南州碌曲县、合作市，北靠临夏回族自治州和政、康乐及定西市渭源县、漳县接壤，中部与甘南州临潭县交错环接。县城柳林镇，县人民政府驻柳林镇，距省会兰州市258千米，距州府合作市105千米。

地形地貌 地处青藏高原东部边缘，大部分为中低山山地丘陵地形。地貌以高原丘陵为主，大部分为中低山地形，地势呈西南高、东北低，由西南向东北倾斜。地形分为基岩裸露的冰蚀高山、平原化的高山剥蚀面、水系轻度至中度切割的中山。主要山脉仅有1条，即西倾山脉，属昆仑中支巴颜喀拉山余脉，又是秦岭山脉的西段，西倾山脉自青海延伸入甘肃境内后即析为南、中、北三支，此三支均延伸至卓尼境内，大多呈东西走向，境内最高峰扎伊克嘎位于县境南部边境，海拔4920米，最低点柳林位于东部藏巴哇乡，海拔2000米。