卓尼县财政局为正科级行政单位，隶属县人民政府工作部门（加挂卓尼县人民政府金融工作办公室牌子）。局机关内设办公室、预算和国库股、经济和农业股、国资采购和会计股4个股室，下设卓尼县国库集中收付中心1个事业单位。单位在职干部职工总人数43名，核定编制40名（其中：行政编制8名、事业编制32名），卓尼县财政局核定领导职数3名，其中:局长1名、副局长2名；卓尼县国库集中收付中心核定主任1名；局机关设立党支部1个，现有在职党员31名，占干部职工总人数的72%。