根据《中共卓尼县委办公室 卓尼县人民政府办公室关于印发<卓尼县农业农村局职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》（卓尼办发〔2019〕74号），规定卓尼县农业农村局为政府工作部门，为正科级，卓尼县委农村工作领导小组办公室设在卓尼县农业农村局，规定主要职责17条，内设机构（股室）5个，核定行政编制9名，领导职数3名，设局长1名，副局长2名。县农业农村局所属事业单位11个，分别为卓尼县畜牧工作站（加挂卓尼县渔业工作站牌子）、卓尼县农牧业机械化服务中心、卓尼县动物卫生监督所、卓尼县农业技术推广站、卓尼县农畜产品质量安全检测检验中心、卓尼县种子站、卓尼县动物疫病预防控制中心、卓尼县农村能源办公室、卓尼县农牧业集体经济经营管理站、卓尼县国营大峪种畜场、卓尼县国营柏林种畜场。