卓尼县医疗保障局于2019年1月正式挂牌成立，为县政府工作部门。医保局地处卓尼县城中心，承担着全县9.4万人城乡居民和职工基本医疗保险、9015人职工生育保险和6681健康扶贫医疗救助对象的经办服务，承担两定机构的日常管理、监督检查，药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施及全县医药服务价格管理等职能。内设一个党支部、下设县医疗保障服务中心，内设办公室、医疗保障和医药管理科、规划财务和基金监督科3个科室。现有党员10名。目前正式在册职工17人（科级干部5人）。其中：两名领导干部由卫健局划转未到位。