历史背景

到9世纪后半期，吐蕃统治阶级内部出现权贵之争，平民起义接二连三，戍边军民脱离吐蕃统治自号“温末”投唐，使得吐蕃王朝彻底崩溃。与此同时，地方势力不断扩大,割据局面与日俱增，“有的几千户、几百户聚居在一起，互不统属。”

邻近内地的藏族地区，即现今甘肃、青海、四川、云南等省的部分地方,在吐著统治期间，这里曾是唐蕃统治阶级挑起战乱的前沿阵地，区内以藏族为主体的各族人民,在生产和生活上都遭到很大破坏。随着吐蕃和唐王朝的衰亡，在这一地区延续二百余年的战乱历史宣告结束，人民又过上了安定的生活。

在政治方面，从这里陆续兴起的一些藏族地方集团，都曾向唐朝和五代十国的一些王朝纳贡、请封，或请求派官治理，并与之建立了不同程度的隶属关系。公元10世纪中叶,宋朝建立，这种政治上的隶属关系，又有了进一步的加强。

1260年忽必烈即帝位后，封八思巴为国师。1264年在元中央设立了掌管全国佛教事务和藏族地区地方行政事务的机关—总制院，其下设3个管理藏族地区的宣慰使司都元师府。甘、青两省的藏族地区和四川阿坝、甘孜北部的一些地方属吐蕃等处宣慰使司都元帅府(府地在今临夏)。在藏族聚居区，元朝设有宣慰使、安抚使、招讨使、万户、千户等官职，负责管理当地的军政事务。万户以下的职官，都是任命当地的僧俗上层人物充当，并且可以世袭，逐渐发展成为以后的土司。”

各级官员都是僧俗并用，军政兼摄，即在地方上不但管理民政,而且同时又管理军务。这种僧俗官员并行的制度，一直延续了下来,成为此后西藏政教合一地方封建政权沿用的定制。

到明代，对藏区的统治基本上沿袭了元朝的一套制度。明朝在藏族地区除分封僧官外，还封三大法王，法王之下又有大国师、国师、禅师等僧官。跟元朝相同，明朝继续扶植佛教，赐封佛教领袖人物，采取“多封众建”的政策,对各个教派都根据不同情况，分别予以封赐。

就甘、青、川的部分藏区而言，到了元代，地方势力已逐渐形成。在上下作格(今四川省若尔盖、甘肃甘南合作)等地,已出现了很多大小不等的部落和地方势力。在意识形态方面,时值西藏佛教史上教派涌现的阶段。元朝统治阶级为了征服西藏，不但以武力的形式，还采取从意识形态领域渗透的方略，推崇佛教，以封赐法王、大国师等名号的手段来笼络教派首领。是时佛教在安多地区的发展也很快,出现了大小不一的许多寺院,其中属萨迦教派者最多。处于教派众多，各地方势力及教派之间相互纷争的形势下，寻找政治靠山是事关教派存亡与发展的大事。那些兴起的地方势力也十分需要巩固他们刚刚建立的统治权力。他们很懂得利用宗教作为麻痹劳动人民斗志的工具，故扶植佛教，使佛教为他们的阶级利益服务。在这种前提下，萨迦派则顺应历史潮流，以贡噶坚赞为首的萨迦派代表,于1246年应忽必烈邀请来凉州与阔端会晤，从而使萨迦派取得了西藏十三万户的领导地位。分属萨迦派系和其他派系的地方寺庙集团为了自己的存亡与发展，也在积极地寻找政治、经济、军事靠山。因政治和宗教属上层建筑的重要组成部分，统治阶级为了维护其统治地位，往往利用宗教从意识形态方面统一人们的思想，这才是政治与宗教互相发生关系的根本原因。那些部落首领和地方势力也需要一种精神的统治工具，利用宗教作为属民的精神支柱，巩固和提高自己的政治地位。如卓尼杨土司的先祖些地头人，前去朝拜卓尼寺，被该寺第一任法台萨迦派“格西”尊为施主,并委托由他管理寺院的所有事务，和寺院形成施主和受施的关系。这种神权和族权的结合，是宗教政治化的最初反映。

到了明代，那些元时受封的地方势力更加强盛。明朝采用“以本土之人，司本土之事”的措施,分封土司，安抚地方势力。当时在甘、青川、云南等地的少数民族中封了许多土司，仅在洮州一带就封了土司、僧纲、都指挥使、指挥佥事、千户、百户等不下几十个。其中卓尼土司的先祖些地头人集族权与教权于一身，并因功被授予世袭指挥佥事兼武德将军。这样不仅在政治上、宗教上有了一定的地位，而且将其管辖的地方武装也纳入了边疆兵备的编制，形成了在政治、经济、军事上具有自治权力的封建世袭集团，平时治理地方事务，战时应朝廷调遣。土司一年或两三年之间向朝廷进贡一次，受到朝廷物质上的回赐和荣誉上的封号，以此来荣耀自己的统治地位，以便威镇属民，或以求得朝廷封号来牵制各地方势力之间互相吞并的危险。