2024年，卓尼县辖11镇、4个乡、3个居民委员会、97个村民委员会、461个村民小组。
11镇：柳林镇、木耳镇、扎古录镇、喀尔钦镇、藏巴哇镇、纳浪镇、尼巴镇、完冒镇、阿子滩镇、申藏镇、洮砚镇；
4乡：恰盖乡、康多乡、勺哇乡、刀告乡。
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