卓尼县资源丰富，景色秀丽。县境地域辽阔，地形复杂，孕育出大量苍翠的山峰、清澈的河流、广袤的森林和草原。平坦肥沃的河谷冲积滩地，水草肥美的天然优质草场，为发展农业和畜牧业得天独厚的有利条件。牲畜品种中，以车巴沟的犏牛，北山的牦牛，完冒等的藏羊、蕨麻猪，新洮地区的紫羔羊最为有名。

丰富的森林资源为当地的环境净化、水土保持、生态平衡起着不可估量的作用。森林其间伴生的林副产品资源也有极丰富的潜力，有营养价值丰富的各种菌类、蕨类植物100余种，名贵中药材20多种，珍稀品种有羊肚菌、珊瑚菌、冬虫厦草、猪苓等；有国家一、二、三类保护的珍禽异兽金钱豹、水獭、猞利、梅花鹿、胡兀鹫、林麝、黑熊20多种。

境内还蕴藏着金、银、铜、铁、铅、锌、汞、锑、硅、大理石、洮砚石、石灰石、石膏等金属、非金属矿藏，为卓尼经济的发展储备了丰富的宝藏。

以洮河为轴心的大小河流辐射全部县境，丰富的水利资源不仅滋润着境内的森林、草场植被，又为灌溉、发电蕴藏着丰富的水能，全境可开发的水能蕴藏量19.76万千瓦，极具开发潜力。